有機肥主要來源于植物和（或）動物殘體，施于土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質，包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營養元素。
1、提供養份全面 有機肥是一種完全肥料
含有作物所需要的營養成份和各種有益元素，而且養份比例全面，有利于作物吸收。因此，有機肥施得越多，越有利于土壤養分比例平衡，越有利于作物對土壤養分的吸收和利用，不會因多施有機肥而造成土壤某種營養元素大量增加，破壞土壤養份平衡。
2、促進土壤微生物繁育
有機肥料含有大量的有機質，是各種微生物生長繁育的地方。據黃景春研究深耕配合施用有機肥，土壤固氮菌比對照增加近一倍，纖維分解菌增加近2倍，其它微生物群落也有明顯增加，所以施有機肥能大大促進新開墾土地的熟化進程。
另外，有機肥在腐解過程中還能產生各種酚、維生素、酶、生長素等物質，能促進作物根系生長和對養分的吸收。試驗證明，菜籽餅在茶園中之所以特別有效，不只是菜餅肥營養豐富，更重要的是菜籽餅在腐解過程中產生一種能激發根系生長的物質，促進茶根生長和吸收營養。其它有機肥也有類似的作用。
3、提高土壤保肥保水能力
所有的有機肥料都有較強的陽離子代換能力，可以吸收更多的鉀、銨、鎂、鋅等營養元素，防止淋失，提高土壤保肥能力，尤其是腐熟的有機肥保肥能力更明顯。此外，有機肥還具有很強的緩沖能力，可防止因長期施用化肥而引起酸度變化和土壤板結，可提高土壤自身的抗逆性，土壤良好的生態環境。
4、減少養分固定，提高養分有效性
有機肥含有許多有機酸、腐殖酸、羥基等物質，它們都具有很強的螯合能力，能與許多金屬元素如錳、鋁、鐵等螯合形成螯合物，可減少錳離子對作物的危害。又可防止鋁與磷結合成很難被作物吸收的閉蓄態磷而無效化，大大提高土壤有效態磷的有效性。
5、加速土壤團聚體的形成，改善土壤理化性質
有機—無機團聚體是土壤肥沃的重要指標，它含量越多，土壤物理性質越好，土壤越肥沃，保土、保水、保肥能力越強，通氣性能越好，越有利于作物根系生長。