福建農業信息網架構了政務版、科技版、市場版三大板塊，包括了十二個功能模塊，即：
政務中心模塊：將省廳的政務信息、辦事服務等，按照服務對象進行分類，提供相關信息瀏覽、審批公告、辦事指南、法律咨詢、廳長信箱、投訴建議等。
專題欄目模塊：提供省內外農業新聞、農業熱線、當前熱點、閩臺農業、農事之窗、農業氣象、視頻點播和其它信息等專題專欄，及時發布信息。
農業新聞模塊：全國農業信息聯播、全省農業信息聯播、信息快遞、圖片新聞以及各行業頻道新的信息。
數據庫模塊：提供名優特產庫、農業資源庫、農業圖件庫、農業標準庫、政策法律庫、農業專家庫、實用技術庫、招商引資庫、維普全文數據庫等九個數據庫，實現在線查詢。
下載中心模塊：在網上提供辦事相關資料、常用軟件下載，方便企業和個人辦事。
行業頻道模塊：為每個行業頻道建一個行業網站，可以添加欄目，獨立管理維護，更新信息。
特色農業模塊：為福建特色農業產業而開發的一個功能模塊，可以自由建立專業網站，管理網站的欄目，發布網站的產品，發布供求信息。已開設福建茶業、福建香蕉、福建柑桔、福建花卉等，方便查詢各類信息。
網站高級會員才能建立特色網站，發布產品信息、供求信息，普通會員只能發布供求信息。
企業風采模塊：提供展現企業產品、形象、資信等內容的平臺，展現企業的風采，發布供求信息。
八閩特優模塊：展現八閩特優產品的天地。
供求信息模塊：為企業、個人發布供求信息。
視頻點播模塊：在線視頻點播。
其它附屬模塊：站標、搜索引擎、網站導航、網站地圖、使用幫助、萬年歷查詢等。