機構設置：
⑴直屬單位：農業局現有局直二級單位11個。其中：正局級事業單位3個：農機管理局、畜牧獸醫局、生態能源局；副局級事業單位7個：農業技術推廣中心、農業行政執法大隊、農業科學研究所、農民科技教育培訓中心、蔬菜生產辦公室、農產品質量檢驗檢測中心、植物保護局；助理級事業單位1個：土壤肥料工作站；
⑵內設機構：市農業局內設7個機構：
①辦公室：負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔政務信息、農情信息、新聞宣傳、保衛、保密、信訪、建議提案辦理、社會治安綜合治理和重大突發事件應急綜合管理等工作；組織起草有關綜合性文件、報告，擬定局機關規章制度并組織實施；負責機關后勤保障工作。
②人事科：承辦機關和所屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、職稱評定、計劃生育等工作；擬定全市農業科技、教育發展規劃與政策；參與組織實施農村實用人才培訓工程，會同有關部門依法實施農業農村人才專業技術資格和從業資格管理；負責抓好農業技術推廣服務體系建設，組織農民從業技能和農村勞動力轉移就業培訓工作；承擔農業植物新品種保護、農業轉基因生產監督管理和外來物種管理相關工作；承擔指導農用地、宜農濕地及農業生物物種資源的保護和管理工作；承擔指導農村可再生能源開發利用和生態農業、循環農業以及農村節能減排工作。
③發展計劃與財務科：擬定全市農業農村經濟發展戰略和中長期規劃并組織實施；會同有關部門監管農業基本建設項目和財政專項支農項目；組織農業建設項目的申報；編報部門預算并組織執行；指導、監督直屬單位財務管理、會計核算、政府采購、國有資產管理工作。承辦有關農業涉外工作。
④政策法規科（行政審批科）：組織擬定有關農業的地方性法規，并監督實施；對其他部門擬定的地方性文件中有關條款提出審核意見；承擔農業行政執法體系建設、農業法制宣傳教育和農業執法隊伍的監督管理工作；承擔農業行政復議，組織行政應訴工作；承擔政務公開工作；承擔本系統行政執法工作，做好所有行政許可事項的審批服務工作。
⑤市場信息科（綠色食品辦公室）：擬定全市大宗農產品市場體系建設規劃并組織實施，收集、發布大宗農產品及主要農業生產資料供求、價格與農機跨區作業信息；承擔農業統計有關工作；承擔農產品質量監管和認證管理工作；負責農業環境保護工作。
⑥種植業科：擬定全市種植業發展規劃、計劃，并組織實施；指導種植業結果調整及標準化生產工作；承擔耕地質量管理和發展節水農業的相關工作；組織實施種植業重大項目；組織種植業主推種子的審定，承辦農作物重大病蟲害防治事宜；承擔農作物新品種、新技術、新機具的試驗示范推廣工作；組織種植業抗災和救災備荒種子、化肥等生產資料的儲備和調撥。
⑦農業產業化辦公室：擬訂并組織實施農業產業化經營和農產品加工業的政策措施、發展規劃；指導農產品加工企業布局、產業調整和服務體系建設；擬定農業板塊基地規劃，指導農業板塊基地的建設。
紀檢機構和工會等群團組織按有關規定設置。
工作職能：
（1）擬定種植業、畜牧業、農業機械化、農村能源等農業各產業（以下簡稱農業）和農村經濟發展政策、發展戰略、中長期發展規劃，并指導實施。貫徹執行農業產業政策，引導農業產業結構的調整、農業資源的有效配置和產品品質的改善；推進農業依法行政。
（2）指導糧食等主要農產品生產，組織落實促進糧食等主要農產品生產發展的相關政策措施，引導農業產業結構調整和產品品質的改善。會同有關部門制定、指導、實施農業標準化、規模化生產。編報部門預算并組織執行。提出扶持農業農村發展的財政政策和項目建議，經批準后指導實施。
（3）擬定農業產業化經營的發展規劃并組織實施，扶持農業社會化服務體系、農村合作經濟組織、農民專業合作社和農產品行業協會的建設與發展。
（4）促進農業產前、產中、產后一體化發展，擬定促進農產品加工業發展規劃并組織實施。提出農業產業保護政策建議。指導農產品加工業結構調整、技術創新和服務體系建設。提出促進大宗農產品流通的政策建議，研究制定大宗農產品市場體系建設與發展規劃。培育、保護和發展農產品品牌。
（5）承擔提升農產品質量水平的責任。依法開展農產品質量風險評估，發布有關農產品質量狀況信息，負責農產品質量監測。執行農業轉基因生物評價標準和技術規范。抓好農業檢驗檢測體系建設。依法實施符合標準的農產品認證和監督管理。組織農產品質量的監督管理。
（6）組織、協調農業生產資料市場體系建設。依法開展農作物種子（種苗）、種畜禽、農藥、獸藥（漁藥）、飼料、飼料添加劑的許可及監督管理。開展獸醫醫療器械和有關肥料的監督管理。指導農業機械化發展和農機監理。
（7）負責農作物重大病蟲害防治。促進動植物防疫和檢疫體系建設。組織、監督對市內動植物的防疫檢疫工作，發布疫情并組織撲滅。組織植物檢疫性有害生物普查。協助抓好境外引進農作物種子（種苗）檢疫的有關工作。組織實施農業血防工作。組織獸醫醫政、獸藥藥政藥檢工作。負責執業獸醫的管理。
（8）承擔農業防災減災的責任。監測、發布農業災情，組織種子、化肥、農機具等救災物資儲備和調撥，提出生產救災資金安排建議，指導緊急救災和災后生產恢復。
（9）管理農業和農村經濟信息，監測分析農業和農村經濟運行，開展相關農業統計的工作。發布農業和農村經濟信息，負責農業信息體系建設，指導農業信息服務。
（10）制定農業科研、農技推廣的規劃、計劃和有關政策，會同有關部門組織全市農業科技創新體系和農業產業技術體系建設，實施科教興農戰略，組織實施重大科研專項和技術推廣項目。組織實施農業領域的高新技術應用、農業科技成果轉化和技術推廣。負責農業植物新品種保護，負責農業轉基因生物監督管理。
（11）同有關部門擬訂農業農村人才隊伍建設規劃并組織實施，開展農業教育和農業職業技能開發工作，參與實施農村實用人才培訓工程。承擔農村勞動力轉移就業培訓工作，會同有關主管部門依法實施農業農村人才專業技術資格和從業資格管理。
（12）指導農用地、宜農灘涂以及農業生物物種資源的保護和管理。擬訂耕地及基本農田質量保護與改良政策并指導實施，依法管理耕地質量。運用工程設施、農藝、農機、生物等措施發展節水農業。
（13）制定并實施農業生態建設規劃，指導農村可再生能源綜合開發與利用，指導農業生物質產業發展和農業農村節能減排，承擔指導農業面源污染治理有關工作。劃定農產品禁止生產區域，指導生態農業、循環農業等的發展。牽頭管理外來物種。
（14）參與政府間農業涉外事務，協助組織開展農業貿易促進和有關國際經濟、技術交流與合作，協助有關部門組織實施農業援外項目。
（15）為企業提供“直通車”服務。
（16）承辦上級交辦的其他事項。