遵義市農業科學研究所（以下簡稱市農科所）是市直正縣級綜合性農業科研事業單位，是農作物品種區域試驗站、國家現代農業（玉米）產業技術體系綜合試驗站和全國青少年農業科普教育示范基地之一。市農科所成立于1938年，場址在遵義城區鯉魚田（現市文化廣場），單位名稱變更經“五區農場”、“遵義專區農場”、“遵義地區農業科學研究所”、“遵義市農業科學研究所”。
現有在職職工98人，其中市管專家3人，遵義市“15851人才工程”層次人才2人，第二層次人才1人，中高級職稱人員38人，碩士研究生5人，博士1人、碩士7人。有1人享受津貼，1人享受省政府特殊津貼。現內設辦公室、人事教育科、資產管理科、保衛科、科研生產管理科、科技開發中心、水稻研究中心、玉米研究中心、栽培研究中心、園藝研究中心10個二級機構，擁有控股權的遵義益農種業有限公司1個經濟實體。
市農科所主要致力于玉米、水稻、辣椒、油菜、高梁、小麥、花生、團豆、蕎麥等新品種選育、繁殖、制種及高產栽培技術的研究與推廣，長期承擔國家和貴州省農作物新品種區域試驗、承擔國家現代農業產業技術體系建設和上級有關部門下達的其他科研任務，還開展了畜牧、林業、中草藥等養殖和栽培技術研究工作，近年來獲得各級科技獎勵和鑒定成果90余項。從20世紀70年代起，在全市各縣（區、市）鄉鎮實施科技扶貧、黨建扶貧、災后重建、糧食高產科技示范工程等，推廣先進適用的科研成果，給山鄉人民搭上了致富的橋梁。
市農科所注重科技成果轉化，在全國范圍涉及廣西、云南、四川、重慶、湖南、湖北、福建等省區建立了良種推廣銷售網絡，有推廣網點600余個；生產和推廣自育雜交良種250余萬公斤，引進推廣“三雜”良種300余萬公斤，推廣面積550余萬畝；開展“科技三下鄉”服務、組織水稻、玉米等新品種現場觀摩會和培訓農民技術員2萬余人次，發放農作物品種和配套栽培技術資料100萬余份；轉化自主知識產權成果取得社會經濟效益30億元。2011年，為推動我市八大農業產業的發展，市農科所圍繞市委、市政府工作目標，在全市14個縣（區、市）開展遵辣系列品種的高產栽培試驗、示范工作。較大提高了全市農業綜合生產能力，為促進遵義農村經濟發展、農民增收作出了積極貢獻。
市農科所選育的“遵糯1號”等17個農作物新品種先后通過國家、省級審定。近兩年，申報并實施了國家、省、市各級科技項目32項。2011年，在桐梓縣獅溪鎮、黃蓮鄉和湄潭縣永興鎮興辦了現代農業產業示范基地；實施國家農作物品種區域試驗站擴建的規劃設計工作。2012年，參與完成的“農田系統循環產業綜合集成關鍵技術與應用”獲教育部科技進步一等獎；“遵義辣椒高產高效栽培技術”（DV作品）獲貴州省首屆科普作品創作大賽動漫幻燈教學類三等獎；“遵義辣椒新品種遵辣1號的選育與應用”申報遵義市科技進步一等獎、“糯稻新品種遵糯優101的選育”申報遵義市科學技術進步二等獎。玉米品種“益玉8號”、水稻品種“全優1479”通過貴州省審定、“益玉918”通過云南省三個州特審。
市農科所先后被省委評為“先進基層黨組織”，被省政府評為“農業科技工作先進集體”，多次被市委、市政府評為“文明單位”，多次被市委、市直機關工委評為“先進基層黨組織”，多次被評為“遵義市科技工作先進單位”，2008年，被中國科協和財政部評為“全國科普惠農興村先進單位”。
2012年，市農科所與深圳華大基因、四川農業大學、華南農業大學、墨西哥植物基因組及生物多樣性國家重點實驗室等單位合作，以市農科所育成的遵辣1號為基礎材料的“辣椒基因組測序”項目已完成。該項目的實施填補了世界辣椒基因測序科研工作的空白，將大大推進中國乃至世界辣椒的基礎研究，提高我國辣椒育種水平，加快我國辣椒育種進程。
根據市委、市政府關于中心城區東擴、加快新蒲新區和南部新城建設的發展要求，我所將實行整體搬遷至新蒲新區。