市農協總會是負責全市農協（試驗區）建設的機構，于是農村改革試驗區領導小組為一個機構、兩塊牌子。
1.負責制定、實施全市農協、專協工作目標并負責督促、檢查、落實。
2.負責指導基層農協（試驗區）和各級專協的組織建設、規范化管理。指導協調各縣（市）區農協和市直涉農部門圍繞“三農”辦好農協，圍繞產業建好專協，大力開展產前、產中、產后系列化服務。
3.負責全市農村改革試驗區領導小組及其辦公室日常工作。負責指導縣（市）區農村改革試驗區建設，進一步探索農協、專協的組織形式、運行機制和龍頭、基地、農戶的利益連結機制，培育典型，搞好試驗、示范和推廣。
4.負責全市農協（試驗區）系統工作人員的培訓，組織有關專家開展技術咨詢和專業技術培訓。
5.負責全市農協系統信息服務網絡建設。收集、篩選、發布農民急需的種植、養殖、加工和其他重要信息。