山西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所成立于1948年，占地162公頃，其中試驗(yàn)田100公頃。現(xiàn)有在職職工268人，其中研究員14人，副研究員30人，助理研究員70人。主要從事棉花、小麥、玉米、油葵、甘薯、蔬菜等作物種質(zhì)資源創(chuàng)新及新品種選育，作物基因工程研究，作物栽培及植保技術(shù)研究，植物脫毒技術(shù)研究與開發(fā)，微生物研究利用以及農(nóng)化新產(chǎn)品研制開發(fā)。全所每年承擔(dān)國(guó)家科技部、農(nóng)業(yè)部、省科技廳、財(cái)政廳等各級(jí)研究、成果轉(zhuǎn)化及橫向協(xié)作課題35~40項(xiàng)，年?duì)幦】蒲薪?jīng)費(fèi)300萬元以上。全所現(xiàn)有大中型科研儀器50多臺(tái)（套）。1978年以來，共取得科研成果170多項(xiàng)，有168項(xiàng)獲獎(jiǎng)，其中國(guó)家二等獎(jiǎng)3項(xiàng)，省部級(jí)一等獎(jiǎng)19項(xiàng)。育成并通過審（認(rèn)）定小麥、玉米、棉花、油菜、甘薯、油葵、蔬菜等新品種60個(gè)，在華北及新疆生態(tài)區(qū)累計(jì)推廣面積數(shù)千萬公頃，創(chuàng)社會(huì)經(jīng)濟(jì)效益數(shù)十億元。
加強(qiáng)作物種質(zhì)資源創(chuàng)新利用及新品種選育研究，一直是全所科研工作的重中之重。建所以來，育成并通過審定新品種60個(gè)（棉花23個(gè)、小麥21個(gè)、玉米6個(gè)、葵花3個(gè)、甘薯2個(gè)、西葫蘆1個(gè)、油菜2個(gè)、番茄1個(gè)、真姬菇1個(gè)）這些品種集豐產(chǎn)、抗逆、優(yōu)質(zhì)于一體，并且各具特色，適宜不同的生態(tài)區(qū)和不同種植方式，如棉花品種有轉(zhuǎn)基因抗蟲棉、抗病棉、耐旱堿棉、短季棉等類型；小麥品種有高水肥、中水肥、耐旱、優(yōu)質(zhì)等類型，同時(shí)還研究形成了各優(yōu)良品種的配套栽培技術(shù)，限度地發(fā)揮良種的增產(chǎn)作用。這些品種累計(jì)推廣9000多萬畝，創(chuàng)社會(huì)經(jīng)濟(jì)效益數(shù)十億元。晉麥47是該所選育的旱地小麥新品種，1998年通過國(guó)家審定，同時(shí)通過陜西省審定，該品種高產(chǎn)、 穩(wěn)產(chǎn)、品質(zhì)好，抗逆性強(qiáng)，是我國(guó)旱地小麥育種的重大突破，目前已在我國(guó)黃淮麥區(qū)種植3700多萬畝，創(chuàng)社會(huì)經(jīng)濟(jì)效益13.45億元，1998年獲農(nóng)業(yè)部二等后補(bǔ)助獎(jiǎng)勵(lì)，2001年獲國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)。
在棉花高產(chǎn)高效栽培技術(shù)研究領(lǐng)域成果豐碩。比較突出的成果有棉花地膜覆蓋栽培技術(shù)，它是從該所興起，以該所的技術(shù)力量為主，協(xié)同全國(guó)同行集中攻關(guān)，形成系列配套技術(shù)，向全國(guó)推廣。這項(xiàng)技術(shù)的推廣使我國(guó)的棉花生產(chǎn)水平上了一個(gè)大臺(tái)階，目前已成為我國(guó)棉花高產(chǎn)技術(shù)上一項(xiàng)必不可少的重要措施。棉花葉齡模式化學(xué)調(diào)控技術(shù)，是在地膜覆蓋的基礎(chǔ)上又一項(xiàng)突破性技術(shù)。它使我國(guó)的棉花栽培技術(shù)形成了一個(gè)完整的體系，扎扎實(shí)實(shí)地在生產(chǎn)中得到廣泛應(yīng)用。這兩項(xiàng)成果相繼獲得農(nóng)業(yè)部一等獎(jiǎng)和國(guó)家三等獎(jiǎng)。
另外，該所在農(nóng)業(yè)機(jī)械、農(nóng)作物立體種植、農(nóng)作物多元覆蓋、農(nóng)作物病蟲害防治等方面都有新的技術(shù)向農(nóng)民推廣。
山西棉花所還是國(guó)內(nèi)早開展棉花生物技術(shù)研究的省級(jí)研究所。八十年代末曾在國(guó)內(nèi)首次成功地培育出棉花體植株和棉花原生質(zhì)體再生植株，均填補(bǔ)了國(guó)內(nèi)空白，先后獲得農(nóng)業(yè)部一等獎(jiǎng)。“八五”以來，一直承擔(dān)國(guó)“863”計(jì)劃項(xiàng)目，開展轉(zhuǎn)基因抗蟲棉的研制，研究和建立了利用農(nóng)桿菌介導(dǎo)法轉(zhuǎn)移棉花外源基因的高效轉(zhuǎn)化體系，先后獲得轉(zhuǎn)基因抗除草劑棉花和轉(zhuǎn)基因抗蟲棉，受到國(guó)內(nèi)生物技術(shù)界矚目。同時(shí)與中科院遺傳所、微生物所，中國(guó)農(nóng)科院生物技術(shù)研究所，北京大學(xué)，中科院上海植生所等保持長(zhǎng)期合作關(guān)系，在棉花轉(zhuǎn)基因 理論和方法研究方面不斷創(chuàng)新，獨(dú)領(lǐng)風(fēng)騷。轉(zhuǎn)Bt抗蟲基因棉花晉棉26號(hào)是該所研制的我國(guó)個(gè)通過審定的轉(zhuǎn)基因抗蟲棉，其無論在學(xué)術(shù)上還是在實(shí)際應(yīng)用方面都具有廣泛的影響，可以說棉花所是目前國(guó)內(nèi)農(nóng)桿菌介導(dǎo)轉(zhuǎn)化棉花外源基因成功的單位，具有先進(jìn)的生物技術(shù)實(shí)驗(yàn)室，配備有進(jìn)行棉花外源基因轉(zhuǎn)化和檢測(cè)的成套設(shè)備和先進(jìn)儀器，除進(jìn)行棉花轉(zhuǎn)基因研究外，同時(shí)開展小麥、玉米、油葵、蔬菜等作物轉(zhuǎn)基因研究。 該所還是山西省早開展植物脫毒技術(shù)研究與開發(fā)的省級(jí)研究所。利用微莖尖組織培養(yǎng)及配套快繁技術(shù)開展甘薯、馬鈴薯、地黃、大蒜等脫毒技術(shù)的研究與產(chǎn)業(yè)化開發(fā)，并形成了完整的科研、生產(chǎn)及開發(fā)體系。甘薯、地黃脫毒種苗已進(jìn)入工廠化生產(chǎn)，累計(jì)推廣500余萬畝。目前開展藥用植物丹參、半夏等脫毒技術(shù)研究。
近年來，研究所為適應(yīng)科技體制改革需要，加速科技創(chuàng)新和科技成果轉(zhuǎn)化，以各研究機(jī)構(gòu)和科技成果為依托，以“三聯(lián)科技開發(fā)總公司”為龍頭，帶動(dòng)了農(nóng)業(yè)科技產(chǎn)業(yè)的蓬勃發(fā)展。